La Secretarías de Comunicaciones (Secom) y la de Seguridad del Estado de México (SSEM) realizan operativos en este medio de transporte, para vigilar los traslados de los 280,000 pasajeros que ocupan sus rutas diariamente.
 
En la Línea 3 del Mexibús se efectuó el “Plan 3 viaje”, en el que personal de seguridad y del Sistema de Transporte Masivo y Teleférico del Estado de México (Sitramytem) acompañó a los pasajeros en todo su trayecto, durante horas de mayor afluencia.
 
Por otro lado, el Sitramytem, en coordinación con las policías de los municipios por donde circulan las líneas del Mexibús, lleva a cabo operativos para evitar las invasiones de los carriles confinados y prevenir accidentes que frenen la correcta operación de las unidades y pongan en riesgo la integridad de los usuarios.
 
Sólo en Ecatepec, de enero de 2017 a la fecha, se han aplicado 15,200 infracciones a conductores que han obstruido los carriles exclusivos para el Mexibús.